A palavra "secretária", de origem latina, vem das palavras: secretarium/secretum, (lugar retirado, conselho privado) e secreta (particular, segredo, mistério). Com o passar do tempo, a grafia e o significado dessas palavras sofreram alterações, surgindo os dois gêneros: secretária e secretário.

Na Antiguidade, havia o escriba, cuja atividade era redigir documentos para as autoridades ou registrar e copiar textos.

Na Grécia antiga, os escribas constituíam uma classe privilegiada de letrados, uma casta hereditária, mas sem o caráter sacerdotal que outras civilizações lhes concederam. Com o advento da democracia, eles perderam prestígio e a profissão adquiriu novas características. Os de maior destaque transformaram-se em eruditos, filósofos, professores, sábios, escritores. Os restantes permaneceram na condição de escravos, a serviço de senhores que se aproveitaram de suas aptidões. Esse grupo transformou-se em secretários, copistas, leitores e os colaboradores intelectuais das obras assinadas pelos amos.

No baixo Império Romano, os escribas, depois chamados de "secretários", eram taquígrafos (ou estenógrafos). Em Roma, a estenografia vulgarizou-se, assumindo importante papel nos escritórios da administração pública.

Durante a Idade Média, o secretário praticamente desapareceu. A função foi preservada parcialmente nos mosteiros, pelos monges, que, na realidade, eram copistas, não secretários. Na Idade Moderna, o comércio trouxe de volta a necessidade desse profissional. A partir de então, o secretário foi integrado à organização das empresas e continua a exercer suas funções até hoje.

Em 1867, Christopher Sholes inventou um tipo de máquina de escrever (que mais tarde foi fabricada por Philo Remington). Sua filha, Lílian, testou-a em público, tornando-se a primeira mulher a escrever a máquina. Lilian Sholes nasceu em 30 de setembro de 1850, por isso a data foi oficializada, no Brasil, como o Dia da Secretária.

A partir da Primeira e da Segunda Guerra Mundial, por falta de mão-de-obra masculina no mercado geral de trabalho, as empresas começaram a utilizar a mão-de-obra feminina, em todas as áreas. A mulher passou a atuar efetivamente como secretária, na Europa e nos Estados Unidos. No Brasil, a mulher começou a trabalhar como secretária a partir da década de 1950, com a chegada das multinacionais.

A profissão de secretária foi regulamentada pelas leis no 7.377, de 30/9/1985 e no 9.261, de 10/1/1996. São Jerônimo, festejado a 30 de setembro, foi secretário do papa Dâmaso, no século IV, por isso é considerado o padroeiro das (os) secretárias (os).